14年前，初号机疑似神化第一形态的觉醒带来近三冲击，使世界发生前所未有的巨变。在此之后，葛城美里等NERV旧部出走，成立了反抗seele和NERV的Wille。Wille授命明日香和真里夺回被封印在卫星轨道上的初号机和碇真嗣，但绝对禁止真嗣登上初号机。感受到周遭的敌意，懵懂的真嗣跟随绫波丽登上突然入侵的九号机，返回了千疮百孔的NERV总部。