高中毕业之后，北原伊织顺利的进入了大学，即将展开崭新的大学生活。为了上学，北原来到了一座坐落在海边的城市里，和内陆城市完全不同的海洋气候使得北原对未来的生活充满了憧憬和希冀，同时也使他开始接触潜水这项有趣的运动。个性活泼开朗略微有些强势的古手川千纱、温柔体贴实际上对妹妹千沙充满了强烈的占有欲的古手川奈华、时常顶撞北原但其实对哥哥充满了兴趣的傲娇少女北原栞，在这里，北原很快就结识到了一帮志同道合的好友们。加入了潜水部的北原，又会在这项运动中找到怎样的意义呢？

《碧蓝之海》第二季的故事承接第一季，讲述伊织完成冲绳潜水执照课程后返回伊豆，并收到妹妹的来信后展开的新篇章。潜水社的日常依然充满着搞笑和欢乐，酒精和派对是必不可少的元素，同时青春的恋情也若隐若现。