第一季事件发生一个月后，堡垒的间谍们转入地下，遭到曼提科尔特工在全球范围内的追捕。当曼提科尔的巴西亿万富翁保罗·布拉加威胁要将堡垒内部伯纳德·奥利克研制的一项足以毁灭世界的科技投入世界时，这些间谍们被迫重出江湖，与一支由非传统间谍组成的新团队联手。