故事以宇宙为舞台，围绕主人公四季・格兰贝尔与伙伴们驾驶飞船“EDENS ZERO”展开星际冒险。他们在探索不同星球的过程中结识新盟友，揭开神秘现象，延续了前作中机械生命体与星际文明共存的设定。动画通过战斗场面与人物羁绊，展现友情与成长的主题

本作以星际旅行的科幻背景，讲述能够使用「以太齿轮」操纵重力的少年「四季」、没什么人气的实况主「蕾贝卡」，以及机械蓝猫「哈比」。他们将乘坐战列舰「EDNES ZERO」四处冒险，寻找能够实现一切愿望的神秘生命体「MOTHER」。

宇宙历X492年——那是无数的人们飞往宇宙，游历群星的时代。视频投稿者蕾贝卡，遇到了机械行星格兰贝尔上拥有操纵重力能力的少年四季。在被称作『魔王』、养育他长大的机械基极的教导下，四季把朋友看得比什么都重要...